La antigua iglesia parroquial de San Miguel Árcangel alberga actualmente el Museo Arqueológico de Borja. Es un edificio sobrio de origen románico que fue una de las vicarías dependientes de la Colegiata de Santa María. Compartía con el Convento de Santa Clara de Asís el zaguán de entrada, aunque se trata de dos edificios completamente distintos.
La antigua iglesia, de única nave, posee capillas laterales. Su ábside románico está decorado en el exterior con modrillones labrados en piedra. La antigua iglesia cubre su bóveda con arcos diafragma y techumbre gótico Mudéjar, rehecha conforme a los restos hallados durante la restauración del edificio.
También pueden admirarse fragmentos de frescos y decoraciones de finales del siglo XV, principios del XVI, tanto en su ábside como en una de sus capillas laterales.
El templo ha sido habilitado para albergar la sede del Museo Arqueológico.
Principales referencias consultadas: Páginas del Ayuntamiento y de la Comarca, Zaragoza Turismo (DPZ), Red Aragón, Gran Enciclopedia Aragonesa y Wikipedia.